Nachdem Minato den Rang eines Jōnin erreicht, wird er der Teamleiter vom einem Team.[1] Dieses bestand damals aus Rin, einer Kunoichi, die die Heilkunst beherrschte, Obito vom Uchiha Clan und Kakashi Hatake. Während des Dritten großen Krieges, der damals tobte, wurde Minato bekannt als "Konohas gelber Blitz". Kakashi hat während dieser Zeit den Rang eines Jōnin erreicht und bekam von seinem Sensei ein besonderes Kunai geschenkt, welches viel schneller fliegt[2]. Später teilte Minato seinem Team die Mission zu, eine Brücke zu zerstören, die die Stein-Shinobi als Überquerung benutzen wollten.
Minato konnte in kürzester Zeit mehrere Iwa-Ninja dank seiner Technik des schnellen Fortbewegens problemlos besiegen. Sein Team war jedoch nicht in der Lage, seine Mission auszuführen. Es gab eine Auseinandersetzung zwischen Obito und seinem Freund Kakashi, die zum Tod von Obito führte, da sie dadurch in eine Falle gelockt wurden. Minato kommt zwar nicht rechtzeitig, um den jungen Uchiha zu helfen, ist aber in der Lage, Rin und Kakashi zu retten[3].
In den kommenden Monaten nach dem Krieg, ernannte der dritte Hokage Minato zum vierten Hokage. Hiruzen wählte ihn, weil er wusste, dass er sein Dorf und seine Freunde nicht im Stich lassen würde. Ein anderer Kandidat war damals Orochimaru, doch seine Beziehung zum Dorf war dem Titel Hokage nicht gerecht. Während dieser Zeit hatte Minato eine Beziehung mit Kushina Uzumaki. Eines Tages, als sein Sensei Jiraiya ihm sein neues Buch vorstellte, erzählte er von einem Jungen namens Naruto, der der Held der Geschichte sein sollte. Minato fand den Namen , genau wie seine Frau Kushina, schön und sie beschlossen, ihren ungeborenen Sohn so zu nennen.